Per capire Matrix Revolutions è necessario rivedersi anche i corti di Animatrix.

Neo è un uomo con inculcato il programma di debug di Matrix  e di tutto il software delle macchine dall'Oracolo.
Potrebbe essere mezzo uomo e mezzo macchina, d'altronde l'impianto l'hanno tutti gli uomini. Vedendo Animatrix non è da escludere.
Per questo ferma le seppie, ha il loro programma di debug!

Guardando il secondo film, sembrava che il mondo presunto reale altro non fosse che un'estensione di Matrix. Il terzo film sembra smentire tutto:
se così fosse infatti perché Neo non fa resuscitare Trinity in Revolutions quando muore? se la realtà Zion fosse solo un sottolivello di Matrix, perchè Neo non lo fa, visto che lui è il programma di debug?
Probabilmente (salvo prossimo sequel) a quanto sappiamo finora il mondo di Zion/Zero One è reale, e a esso può accedere da Matrix solo Neo, perchè mezzo uomo e mezzo programma di debug. L'agente Smith vi accede solo DOPO che Neo gli ha passato la conoscenza sul come.

Il finale è in realtà un non finale: gli uomini restano intrappolati in Matrix, con la sola promessa delle macchine che chi vorrà potrà uscire.
Le macchine non distruggono gli uomini, perchè a loro gli uomini servono, e poi perché in realtà non li odiano. La guerra infatti non è iniziata a causa delle macchine, ma degli uomini (animatrix).
Neo è apparentemente morto, ma nelle ultime scene di accenna a un suo prossimo ritorno, probabilmente in un altro corpo umano, essendo lui mezzo uomo e mezzo macchina.